Mit dem europäischen Schutzgebietssystem Natura 2000 haben sich die Staaten der Europäischen Union die Erhaltung der biologischen Vielfalt in Europa zum Ziel gesetzt. Bereits 1992 beschlossen sie mit der FFH-Richtlinie (Fauna = Tierwelt, Flora = Pflanzenwelt, Habitat = Lebensraum) den Aufbau eines Netzes von natürlichen und naturnahen Lebensräumen und von Vorkommen gefährdeter Tier- und Pflanzenarten, um so das europäische Naturerbe für kommende Generationen zu bewahren. Hierfür sind ausgewählte Lebensräume von europäischer Bedeutung aus verschiedenen geografischen Regionen miteinander zu verknüpfen. Sie bilden zusammen mit den Gebieten der 1979 erlassenen Vogelschutzrichtlinie das europäische Schutzgebiets-verbundsystem Natura 2000. FFH-Richtlinie und Vogelschutzrichtlinie sind verbindlich umzusetzendes EU-Recht.

Das vorrangige Ziel der FFH-Richtlinie ist die Erhaltung der in Europa vorhandenen biologischen Vielfalt bzw. deren Wiederherstellung durch den Aufbau eines vernetzten Schutzgebietssystems. Denn durch den Schutz einzelner, isolierter Gebiete kann die biologische Vielfalt nicht dauerhaft erhalten werden. Viele Arten sind nicht nur vom intakten Zustand einzelner Lebensräume, sondern auch von einer Vielzahl solcher Gebiete abhängig, die untereinander über Landschaftselemente wie z.B. Fließgewässer, Böschungen und Hecken vernetzt sein müssen.
Die FFH-Richtlinie beinhaltet neben dieser Zielsetzung auch naturschutzfachliche Grundlagen und Verfahrensvorgaben zur Errichtung von Natura 2000. Die Mitgliedstaaten müssen Gebiete benennen und diese erhalten bzw. entwickeln, die für bestimmte, in den Anhängen der FFH-Richtlinie genannten aus europäischer Sicht besonders schutzwürdigen Lebensräume und Arten von großer Bedeutung sind.
In Anhang I der FFH-Richtlinie sind insgesamt 192 zu schützende natürliche und naturnahe Lebensraumtypen aufgelistet. Davon kommen 51 Lebensraumtypen in Baden-Württemberg vor. Der Anhang II beinhaltet 276 Tier- und 519 Pflanzenarten, die EU-weit als stark gefährdet gelten und deren Lebensräume zu schützen sind. Hiervon findet man 42 Tier- und 12 Pflanzenarten in Baden-Württemberg.

Auf Grund ihrer besonderen Schutzwürdigkeit werden in der FFH-Richtlinie einige Lebensräume und Arten als "prioritär" bezeichnet. Davon sind in Baden-Württemberg 13 Lebensraumtypen, eine Pflanzenart und drei Tierarten vertreten. Bei einer Beeinträchtigung prioritärer Lebensräume und Arten in FFH-Gebieten gelten einige besondere rechtliche Vorgaben.
Die EU-Vogelschutzrichtlinie hat den langfristigen Schutz und die Erhaltung aller wildlebenden Vögel und ihrer natürlichen Lebensräume in Europa zum Ziel. Die Mitgliedstaaten müssen für bestimmte, in Anhang I der Richtlinie aufgeführte Vogelarten geeignete Gebiete erhalten und entwickeln. Entsprechendes gilt für alle Zugvogelarten, die nicht in Anhang I aufgeführt sind.

Ein Großteil der Gebiete von gemeinschaftlicher Bedeutung sind schon heute als Natur-, Landschafts- oder Waldschutzgebiete geschützt. Zudem sind eine Vielzahl der Lebensraumtypen und Lebensräume der Arten der FFH-Richtlinie in Baden-Württemberg bereits als ”Besonders geschützte Biotope” nach § 24a Landesnaturschutzgesetz (NatSchG) oder nach § 30a Landeswaldgesetz (LWaldG) geschützt.

Grundlage für die Sicherung der FFH- und Vogelschutzgebiete in Baden-Württemberg sind die Pflege- und Entwicklungspläne. Im Rahmen dieser Fachpläne werden für jedes Natura 2000-Gebiet die Lebensraumtypen und Arten der FFH- und Vogelschutzrichtlinie erfasst, bewertet und Erhaltungs- und Entwicklungsziele sowie die dazugehörigen Maßnahmen erarbeitet.
Die Mitgliedstaaten müssen sicherstellen, dass die Erhaltungsziele in Natura 2000-Gebieten erreicht werden. Dies bedeutet, dass die Lebensräume mit ihren typischen Lebensgemeinschaften in ausreichendem flächenmäßigem Umfang und günstigem Erhaltungszustand bewahrt oder wiederhergestellt werden müssen. Hierfür sind die beiden folgenden Prinzipien von besonderer Bedeutung:

• Verschlechterungsverbot
  Die FFH-Richtlinie verpflichtet die Mitgliedstaaten, Verschlechterungen der Natura 2000-Gebiete zu verhindern. Das Verschlechterungsverbot bezieht sich auf die signifikanten Lebensraumtypen und Arten, die im Gebiet vorkommen. Alle Vorhaben, Planungen oder Nutzungen sind vor dem Hintergrund der Erhaltungsziele für diese Schutzgüter zu bewerten. Land- und forstwirtschaftliche oder touristische Nutzungen sowie kommunale Entwicklungen bleiben wie bisher möglich, wenn sie die Erhaltungsziele nicht erheblich beeinträchtigen oder Bestandsschutz genießen.
  
  
• Verträglichkeitsprüfung für Projekte
  Genehmigungs- und anzeigepflichtige Vorhaben, die geeignet sind, die Erhaltungsziele eines Natura 2000-Gebietes erheblich zu beeinträchtigen, bedürfen einer Verträglichkeitsprüfung. Viele Vorhaben stellen keine erhebliche Beeinträchtigung dar. In solchen Fällen ist eine Verträglichkeitsprüfung nicht erforderlich. Sind erhebliche Beeinträchtigungen zu erwarten, ist im Rahmen einer Verträglichkeitsprüfung zu beurteilen, ob die Auswirkungen eines Projekts mit den Erhaltungszielen eines Natura 2000-Gebiets vereinbar sind. Die Verträglichkeitsprüfung beurteilt im Unterschied zur Umweltverträglichkeitsprüfung (UVP) nur die Erheblichkeit der Auswirkungen auf die Erhaltungsziele eines Natura 2000-Gebietes, nicht wie die UVP, die Auswirkungen auf jegliche Umweltgüter untersucht. Die Verträglichkeitsprüfung muss in der Übergangszeit bis zur Festlegung der FFH-Gebiete auch für potenzielle FFH-Gebiete erfolgen.

Wirkt sich ein Projekt nicht nachteilig auf die Erhaltung eines Lebensraums aus, ist es zulässig. Kann ein Projekt zu erheblichen Beeinträchtigungen führen, so ist dieses grundsätzlich unzulässig. Je schutzwürdiger und empfindlicher ein Lebensraum oder eine Art ist, desto eher ist eine erhebliche Beeinträchtigung anzunehmen. Erheblich ist eine Beeinträchtigung, wenn die Störungen in ihrem Ausmaß dazu führen können, dass ein Gebiet seine Funktion bezüglich der Erhaltungsziele nur noch in eingeschränktem Umfang erfüllen kann.
Ein Vorhaben, das mit erheblichen Beeinträchtigungen verbunden ist, kann durch eine Ausnahmeentscheidung dann zugelassen werden, wenn keine zumutbaren Alternativlösungen ohne oder mit geringeren Beeinträchtigungen möglich sind, und es aus zwingenden Gründen des überwiegenden öffentlichen Interesses – einschließlich sozialer und wirtschaftlicher Belange – notwendig ist.

Zusammenfassend lässt sich festhalten, dass zwischen Natura 2000-Gebieten und Natur- und Landschaftsschutzgebieten erhebliche Unterschiede bestehen. Während beispielsweise in Naturschutzgebieten verschiedene Handlungen und Eingriffe grundsätzlich verboten sind, ist in Natura 2000-Gebieten jegliche Nutzung zulässig, sofern sie nicht den Erhaltungszielen des jeweiligen Gebiets zuwiderläuft.